Oysa Karluk ve Oğuz Türkleri tarihte eşi benzeri görülmemiş zulümler yaşadılar. Türkistan’ın batısı yüzyıllar öncesine döndü. Cengiz öldüğünde imparatorluğu dört parçaya bölündü. Bizi, payına Türkistan düşen Çağatay ve Deşti Kıpçak (Moğolistan’dan Baltıklara ve Polonya’ya kadar olan coğrafya) düşen Altın Orda hanlıkları ilgilendiriyor. 

Her iki hanlığında hanedanları Cengiz soyundan geliyordu yani Moğollardı. Ahali ve ordular Türk’tü.  Altınordu Hanlığının halkı Kıpçak, Çağatay Hanlığının halkı Uygur ve Karluk’tu. (Tatar, Başkurt, Çuvaş, Karakalpak, Kırgız ve daha sonra Kazakları oluşturan boylara Kıpçak; Karluklar ve Uygurlara Çağatay Türkü veya Karluk deniyordu.) Bu hanlıklar Cengiz’in mirasının sahibi olmak için zaman zaman savaştılar.

Özbek Han 1313 ile 1341 yılları arasında Altın Orda Hanıydı. Hayatında hiç Türkistan’ı görmedi. Ömrü savaşmakla geçti. Önce parçalara bölünen devletinde birliği sağladı. Sonra Baltık Denizinden Moğolistan’a kadar olan coğrafyayı tek bayrak altında birleştirdi. 1320’de Müslüman olduktan sonra hedefi Türklerin İslamlaşması oldu. Timur’un torunu, bilim insanı Uluğ Bey ‘’Deşti Kıpçak Özbek Han zamanında Müslüman oldu’’ diye yazar. Özbek Han unutulmuş bir kahramandır.

Özbek Handan sonra onun halkına Özbek denmeye başladı. Özbeklerin hedefi her daim Türkistan’ı ele geçirmek oldu. Timur ise hanına sadık bir Çağatay Türküydü. Cihana hükmettiğinde bile han unvanını kullanmadı. Sembolikte olsa Çağatay Hanına bağlı kaldı. Osmanlı seferi dahil seferlerinin çoğunda Handa ordudaydı. Timur defalarca Altın Orda yani Özbeklerin hanı Toktamış’la savaştı. Timur’un zaferle ayrıldığı bu savaşlar Altın Orda devletini önce parçalanmaya sonra yıkıma götürdü. Rusya bu savaşlar sayesinde önce bağımsız oldu sonra doğan boşluğu doldurarak imparatorluğa dönüştü.

Altın Orda zayıflayınca 1429 yılında Batı Sibirya’daki Tara kentinde kurultay toplayan Özbek kabileleri Özbek Hanın torunu Ebul Hayır’ı han ilan ettiler. Ebul Hayır önce Deşti Kıpçak’ın doğusunu sonra bozkırı yani bugünkü Kazakistan’ı ele geçirdi. Bozkırda, Aral gölü ve çevresinde hüküm süren Özbek Hanın torunlarından Janıbek ve Kerey kardeşler Ebul Hayır’a yenilince, kendilerine sadık kalanlarla birlikte, bugün Almatı’nın yer aldığı Yedisu bölgesine sürüldüler. Sürgünlere otorite tanımayan, dik başlı ve başına buyruk manasında Kazak dendi. Yeni katılanlarla kalabalıklaşan ve güçlenen Özbekler bugünkü Özbekistan’ı ele geçirdiler. Böylece Özbekistan’da Özbekler ve Karluklar (Çağatay Türkleri) beraber yaşamaya başladılar.

Ebul Hayır ölünce Özbekler bölündü, iç mücadele başladı. Bu fırsatı değerlendiren Kazaklar eski yurtlarındaki Özbeklere saldırdılar. Zafer kazandıktan sonra kendilerine biat etmeyen Özbekleri güneye yani bugünkü Özbekistan’a sürdüler. Bozkırda kalan bütün boylara Kazak dendi. İkinci göçle birlikte Özbekistan’da kalabalıklaşan Özbekler daha da güçlendi. Timurlular güneye çekildiler. Ellerinde sadece Herat ve Fergana gibi şehirler kaldı. Özbekler sistematik olarak -Babür dışında- Timur’un soyundan gelenlerin hepsini öldürdüler. (Timur eğer Altın Orda’ yı defalarca yenmeseydi Özbekler ayrı hanlık kurmaz ve Türkistan’ı istila etmezlerdi.)

Babür, 1504 yılında Fergana’yı kaybedince Kabil’e, 1526 yılında Kabil’i kaybedince Hindistan’a göçtü de canını kurtardı. Böylece Rus işgaline kadar kesintisiz devam edecek olan Özbek hakimiyeti başladı. Karluklar ve Özbekler kaynaştı hepsine Özbek dendi. 

Osmanlılar Timurlulara karşı mücadele eden Özbekleri her zaman desteklediler. Yıldırım ile hanımına yapılanları ve Şahruh’un 2. Murat’a giymesi için etek göndermesini asla unutmadılar. Şah İsmail 1510 senesinde Özbek Hanı Şeybani’yi mağlup edince, Babür fırsatı değerlendirerek Semerkant’ı ele geçirdi. Şiiliği kabul etti. Kızılbaş serpuşu giydi. Hutbeyi kendi yerine Şah İsmail ve on iki imam adına okuttu. 

Bu davranışları Şiilikten nefret eden Türkistan halkının tepkisini çekti. 1512 senesinde Yavuz, Şah İsmail’i yenince Özbekler Semerkant’a yürüdü. Babür Kabil’e kaçtı. Bu olayı dönemin vakanüvisleri ‘’Özbekler Babür’ü Türkistan’dan çıkardı’’ ifadeleriyle kaydettiler. Babür Safeviler zayıfladığından Kabil’de ve Hindistan’da Şiiliği sürdürmedi. Osmanlı Özbek ittifakı Rus işgaline kadar sürdü. 

Babür Hindistan’ı fetih etmeye niyetlenip yardım isteyince Osmanlılar kendisine Özbeklere karşı kullanılmamak şartıyla Mustafa Rumi komutasında bir topçu birliği gönderdi. Delhi sultanlığının yıkıldığı, Babür İmparatorluğunun kurulduğu Panipat savaşında, Babür 13 500 askerlik ordusuyla 100 000 mevcudu olan Delhi ordusunu bu topçu birliği sayesinde yenebildi. Babür, Babürname’ de bu zaferden bahsederken topçu birliği için ‘’asrımızın şaheseri’’ ifadesini kullanır. Osmanlı bu destekle hem Türkistan’ı hem de Hindistan’ı müttefiklerinin idare etmelerini ve birbirleriyle savaşmamalarını sağladı. Safevileri üç taraftan kuşattı. Hareket edemez hale getirdi.